Aguas oscuras cuenta una historia de David contra Goliat o los males del capitalismo y el libre mercado que van dejando un reguero de catástrofes por el camino, pues su objetivo principal es la consecución de beneficios. Cuenta la odisea de un abogado, Rob Bilott (Mark Ruffalo), contra la empresa química DuPont desde 1998 hasta la actualidad.
Bilott era un joven abogado en un gran despacho especializado en la defensa de compañías químicas, pero su vida cambió cuando acudió a él un granjero, Wilbur Tennant, junto a su hermano para denunciar que su ganado estaba siendo envenenado por los vertidos de DuPont en el vertedero que estaba cerca de su granja.
En cuanto el abogado empezó a involucrarse en la queja de Tennant, descubrió cómo DuPont estaba vertiendo PFOA y contaminando el suministro de agua de la zona, siendo además conscientes de la situación. El PFOA, también como conocido como C8, es un compuesto químico sintético que se utiliza para bienes de consumo, que empleamos todos. Por ejemplo, ¿quién no ha oído hablar del teflón? ¿No nos suena de las sartenes y las ollas? Pero se emplea en muchas más cosas.
Así que Bilott pronto se dio cuenta de que no solo estos vertidos afectaban al ganado de Tennant, sino también a todos los seres humanos alrededor del vertedero y al agua que consumían. Los vertidos tóxicos causaban diversas enfermedades como el cáncer o malformaciones en los recién nacidos, entre otras cosas. Su lucha contra la gran empresa química no fue fácil y duró años y años, pero Bilott nunca abandonó la causa (y continúa involucrado en ella), aunque le pasase factura en muchos ámbitos de su vida y diera la vuelta a muchas de sus creencias.